Официальная история кафедры началась 30 октября 1998 года приказом ректора И.И.Борисова. Однако, как это бывает со значительными событиями, имеется предыстория. Здесь нужно от упомянутой даты вернуться на 18 лет назад, то есть к 1980 году, когда по инициативе проректора ВГУ по вечернему и заочному обучению Геннадия Афанасьевича Чикина на нашем математическом факультете был впервые осуществлен набор в группу «Инженерный поток» для лиц, имеющих высшее техническое или естественнонаучное образование и желающих углубить свои познания в области математики с целью ее применения в практической деятельности. Идея этого предприятия отличается от тех скоростных перескакиваний на модно-престижные направления, которые теперь приняты. Именно выпускник этой группы (а перед этим выпускник МФТУ им. Баумана с красным дипломом) Сергей Георгиевич Валюхов стоял у истоков создания нашей кафедры.
Буквально сразу после первого выпуска «Инженерного потока» в 1983 году начались научные контакты с КБ Химавтоматики. Они проходили в рамках хоздоговоров по кафедре функционального анализа. Но уже в начале девяностых годов С.Г.Валюхов вместе со своим отделом выделился в самостоятельную организацию «Турбонасос», где он и по сей день является генеральным директором и генеральным конструктором. С этого момента связи стали расширяться и углубляться. Перед сотрудниками ВГУ ставились важные и актуальные, с производственной точки зрения, задачи, которые оказались новыми и интересными. Начался процесс, в котором результаты фундаментальных математических исследований реализовывались в конкретных производственных задачах. К этому времени уже сформировался коллектив единомышленников, в который входили представители разных кафедр и даже факультетов: проф. Костин В.А., проф. Орлов В.П., проф. Сапронов Ю.И., проф. Овчинников В.И., доц. Гельман Б.Д., проф. Вервейко Н.Д., доц. Минин Л.А., проф. Даринский Б.М.(ВГТУ). Стал вопрос о создании учебно-научной лаборатории, которая была открыта в 1997 году при полной финансовой поддержке со стороны предприятия «Турбонасос».
Оставался один шаг для создания кафедры, и он был сделан уже через год. Без проблем был сформирован штатный состав кафедры: Костин В.А., проф. Сапронов Ю.И., проф. Орлов В.П., проф. Овчинников В.И., доц. Семенов С.М., доц. Трофимов В.П., доц. Савченко Г.Б., секретарь Полякова Н.Т. Из основных курсов математического факультета ВГУ на кафедру бал передан курс «Методы вычислений», а так же специализация по вечернему отделению матфака. Кроме того были переданы математические курсы на некоторых гуманитарных факультетах.
В это же время у администрации университета появилась идея открытия факультета компьютерных наук, в реализации, которой кафедра математического моделирования приняла самое активное участие, так как все программы по математическим курсам, необходимые при лицензировании, были составлены профессорами нашей кафедры.
Параллельно продолжалось укрепление учебных и научных связей с организацией «Турбонасос». Были заключены договора о совместной подготовке молодых специалистов, ориентированных на приложения математических методов к решению производственных задач, были выпущены совместные монографии, подготовлены и защищены диссертации. Ведущие научные сотрудники фирмы «Турбонасос» читали спецкурсы на нашей кафедре, следствием такого сотрудничества стало открытие филиала кафедры математического моделирования в организации «Турбонасос».